Мы же говорим об общих правилах, а не ищем исключения из них, эти исключения всегда существуют.
Алексей, Вы же говорите, что гласный -а- не всегда остается "при образовании однокоренных слов". Исходя из этого, согласно общепринятому пониманию, которое в том числе и в любой египетской грамматике зафиксировано мы можем сказать, что -а- не принадлежит корню.
Наверное есть и более точные определения того, что такое "корень" или определения служащие иным целям. Но я думаю, что автор темы задавал свой вопрос исходя из общепринятого.