Фонетико-грамматическая эволюция конлангов

[Серый Ёж]

И так, допустим, я сделал синтетический конланг для вымышленной вселенной. Дальше я хочу создать происходящие от него языки, и для этого нежно сделать какие-нибудь фонетические изменения. Но чем их больше, тем менее чёткие границы между корнем и аффиксами, а иногда даже корни меняются.

Например, корень akar, слова akaras и akarta, по моим законам r между гласными превращается в w, так выходят слова akawas и akarta, корень изначально один, а теперь разные.

В русском языке такое можна увидеть в словах "печь" из "пекти", "стричь" из "стригти", но это не повсеместное явление и оно не мешает обнаруживать схожесть слов, но если в моём языке ~70 последовательных фонетических изменений, то слова у которых сначала просто разные окончания звучат вообще не похоже ("gɣæɾθe" и "gɣæɾθɪs" - "gʁoɾθ" и "ʒjerto:")

Или я просто хочу добавить в процессе грамматической эволюции новый аффикс. Тогда его надо добавлять 1. сразу к заготовку, ещё перед началом фонетической эволюции, 2. по середине процесса и плевать, что он может противоречить буквально предодущему фонетическому закону?