Лингвофорум

Боюсь предположить, что данная модель будет работать в очень ограниченном количестве случаев. И в вырожденном пределе тоже приходит к лексике - то есть к лексическому значению тех самых вспомогательных элементов, которые в дальнейшем вросли в словоформу в качестве морфем.
Кстати заимствование подобных морфем тоже возможно. Пример - креол медновских алеутов, который при сохранении в целом алеутской модели построения глагола "втянул" в себя русские грамматические показатели.

В случае же ИЕ структурные изменения словоформ очень значительны, хотя и стереотипны. Изначальная модель в большинстве языков сначала стянулась до ситуации близкой к варианту "неизменяемая основа склоняемая/спрягаемая чисто аналитически" а затем аналитические компоненты начали снова к ней прирастать, причём в каждом конкретном языке этот процесс идёт независимо. Плюс некоторые языки перешли от "флективной"фазы к "агглютинативной" минуя чисто аналитическую (например русский, который изначально составную ИЕ основу в один слог стянул, но флексии не утратил, хотя признаки агглютинативного прирастания уже проявляются).
То есть модель в целом тоже восстановима, но как методика без лексики неработает, поскольку изначальная ИЕ структура вычленима уже с трудом или не вычленима вообще и структурная эволюция многих языков начинается совсем недавно.
Условно говоря некоторые индоиранские и кельтские языки сейчас находятся как раз на фазе превращения аналитических элементов в морфологические показатели - том, с которого афразийские в Вашем примере начинали. Соответственно вся их предшествующая эволюция успешно отсекается рамками Вашего метода.
К этому можно добавить, что в ряде случаев нам придётся иметь дело с предельно упрощёнными структурными моделями - "неизменный односложный корень" (тибето-бирманские, хмонг языки) либо "корень плюс флексия" (вообще крайне широко-распространённая модель)
То есть практическая ценность метода - достаточна низкая. Лексический же работает во многих случаях намного эффективнее.

Но здесь у нас с Вами, насколько я понимаю, разногласия чисто базового характера. Понятно, что если язык А произошёл от языка Б то он должен наследовать от предка и какую-то часть лексики и структурные особенности.
Однако на практике эти две вещи могут наследоваться языками друг от друга независимо. И возникает вопрос, что является более приоритетным - лексика или структура. Однако оба подхода - сильное упрощение реальной ситуации, ибо языковая эволюция и взаимодействие - процессы настолько сложные, что в принципе не допускают однозначной трактовки. После чего всё сводится к вопросу если некий язык унаследовал лексическую среду от одного, а структуру от другого - чьим потомком он является?
Вы в этом случае выносите его за скобки как креол. Что логично. Однако как быть с ситуацией инновационных и значительных изменений языковой структуры (как например в случае с китайским, который структурно сближается с языками хмонг и тайскими)? Лексическая основа у него им чужда, а структуры весьма близки. Как его классифицировать?
"Старостинская" методика здесь совершает некое формальное насилие - ставя в приоритет лексическую основу. Вы предлагаете трактовать это как креолы, что приведёт к вынесению за скобки генеалогической классификации огромного количество языков. Мало того - подозреваю в потенции вообще всех, потому как когда-то в истории скорее всего все языки проходили "креольские" стадии.

Очевидно, что в рамках аналитического разбора необходимо учитывать все параметры. Но для создания классификации (то есть механизма раскладки языков по полочкам) нужен какой-то однозначный и работающий критерий.
В данном случае я поддерживаю лексическую модель не как универсальную, а как хоть как-то работающую и позволяющую наметить некие направления для дальнейших исследований.
Имхо отрицательное отношение к лексикостатическим методам в изучении эволюции языков порождено попытками их чрезмерно формализовать, отбросить всё остальное и применить к пограничным ситуациям. Но это дефект не столько принципа, сколько особенностей его применения.