Неожиданный порядок в генетическом коде

[Bhudh]

Прочитайте и сами скажете, что они там считали.

Да я у Вас читаю

дальнейшее предполагает, что вы знаете, что такое генетический код

в генетическом коде есть такой порядок

и из своего образования припоминаю, что генетический код у человека (кстати, а генетический код растений или хотя бы разных животных почему не рассматривается⁈) записывается не где-нибудь, а в ДНК, а, значит, — здравствуй, генетика!

[yurifromspb]

Я, кстати, искренне рад, что вы не читали статью и картинки, которые я тут выкладывал. Значит, ещё можете прочитать.

и из своего образования припоминаю, что генетический код у человека (кстати, а генетический код растений или хотя бы разных животных почему не рассматривается⁈) записывается не где-нибудь, а в ДНК, а, значит, — здравствуй, генетика!

Поясняю ещё раз (уже было тут). Генетический код это система соответствий между кодирующими молеклами (нуклеиновыми кислотами) и кодируемыми (белками).
См. (wiki/en) Genetic_code
Он один и тот же у огромной части видов. Хотя есть и варианты.

[yurifromspb]

У меня в моём "бормотанию на тему" есть раздел: https://www.youtube.com/watch?v=YFJTthoeXs8&t=356s
Но лучше в вики посмотреть.

[yurifromspb]

Ещё, может быть такие комиксы помогут (сделал только два листа, т.к. не уверен, что нужно):

[yurifromspb]

После осознания того, что такое генетический код, можно посмотреть внимательно на картинки из сообщения: Неожиданный порядок в генетическом коде
Ну или осилить моё "бормотание".
Или статьи прочитать. Хотя у меня порядок в коде показан полнее. Бог дал мне увидеть больше.

[Bhudh]

Спасибо, на русском тоже есть эта статья, причём с золотой звездой (то есть входит в список избранных).

И там даже есть абзац про соответствия кодонов аминокислотам:

Кодоны близких по физико-химическим свойствам аминокислот также нередко похожи, благодаря чему мутации не приводят к значительным нарушениям белковой структуры. Так, кодоны NUN (N — любой нуклеотид) обычно кодируют гидрофобные аминокислоты. NCN кодируют маленькие аминокислоты с умеренной гидрофобностью, а NAN кодируют гидрофильные аминокислоты среднего размера. Генетический код устроен настолько оптимально с точки зрения гидрофобности, что математический анализ при помощи сингулярного разложения 12 переменных (4 нуклеотида на 3 позиции) даёт значимую корреляцию (0,95) для предсказания гидрофобности аминокислоты по её кодону.

А вот этот опыт показывает, что и список аминокислот не прибит гвоздями и его можно менять. Так что все пересчёты для отдельных организмов (включая полусинтезированные) придётся делать заново.

[yurifromspb]

А вот этот опыт показывает, что и список аминокислот не прибит гвоздями и его можно менять. Так что все пересчёты для отдельных организмов (включая полусинтезированные) придётся делать заново.

Большое непонимание я вижу тут.
1) Стандартный код и есть "сообщение", то, что его можно менять, делает его возможным носителем, точно так же, как компьютерная память потому носитель, что значения её бит можно менять.
2) Если бы мы находили нечто подобное в любом варианте кода (вообще, это невозможно, но если бы), то вот это уже была бы апофения. Точно так же, если бы мы получали осмысленный  текст, переставляя буквы в любом порядке.

[Bhudh]

Если бы мы находили нечто подобное в любом варианте кода (вообще, это невозможно, но если бы)

Специально для этого там есть раздел «Альтернативные генетические коды».

[yurifromspb]

Генетический код реализуется в работе сложной молекулярной машинерии, которая, в принципе, допускает модификации. Заменив известные природные детали этой машинерии на аналоги (что удобно, она модульная), можно поменять таблицу кода произвольным образом.

[yurifromspb]

Если бы мы находили нечто подобное в любом варианте кода (вообще, это невозможно, но если бы)

Специально для этого там есть раздел «Альтернативные генетические коды».

Коды возможны, я не спорю. Увидеть в произвольном коде сигнал невозможно.

[yurifromspb]

Лучше вечно искать ответ там, где его не может быть?

Я на всякий случай намекаю, что науке будет в случае чего проще признать создавших жизнь на Земле инопланетян. Просто в силу особенностей научного метода: если существование некогда подобной человечеству разумной жизни, в т.ч. посещавшей Солнечную систему, можно хотя бы предположить по аналогии, то гипотеза Бога фактических оснований не имеет вовсе. Бог (включая самое его существование) в принципе лежит вне поля постижения научного метода.

Да я и не обольщаюсь, но я бы не о "методе" вспоминал, а о послании к Римлянам, например. Безответны ли язычники-научники и почему?

[basta]

Исключается ли возможность внедрения кода инопланетянами? Если да, почему?

Сколько образцов было исследовано? Каких организмов?

Может ли сообщение исказиться из-за случайных мутаций? Было ли оно искажено в исследованных образцах?

[yurifromspb]

Исключается ли возможность внедрения кода инопланетянами? Если да, почему?

Это версия Щербака и Макукова. Видимо, единственная хотя бы условно правдоподобная материалистическая версия. Пока Щербак не узнал больше об устройстве жизни, он думал, что там компьютер есть, который считает нуклоны.

Сколько образцов было исследовано? Каких организмов?

Может ли сообщение исказиться из-за случайных мутаций? Было ли оно искажено в исследованных образцах?

Я, кстати, искренне рад, что вы не читали статью и картинки, которые я тут выкладывал. Значит, ещё можете прочитать.
...
Поясняю ещё раз (уже было тут). Генетический код это система соответствий между кодирующими молеклами (нуклеиновыми кислотами) и кодируемыми (белками).
См. (wiki/en) Genetic_code
Он один и тот же у огромной части видов. Хотя есть и варианты.

[yurifromspb]

Если вопрос подразумевает желание "датировать", то ответ: "до жизни".

[basta]

Понятно. В компьютерных терминах не код, а кодировка.

Если вопрос подразумевает желание "датировать", то ответ: "до жизни".

Он один и тот же у огромной части видов. Хотя есть и варианты.

Есть варианты потому что эволюция или потому что разные источники у жизни? (Хотя наверное это оффтоп.) Исследовался ли генетический код вариантов?

Исключается ли возможность того, что не открыты какие-то химические законы, обуславливающие обнаруженные симметрии? Исключается ли вариант, что сами эти симметрии - химический закон, объяснение которого может быть позже найдено?

[yurifromspb]

Есть варианты потому что эволюция или потому что разные источники у жизни? (Хотя наверное это оффтоп.) Исследовался ли генетический код вариантов?

В рамках эволюционизма стандартный код - исходный, остальные - поздние вариации.
Да, варианты смотрели, сигнал там ожидаемо исчезает. Но, есть интересный нюанс, если посмотрите на "Каллиграмму" (большую часть), то увидите, что обобщённый кодон цистеина сгруппирован с кодоном изолейцина, как если бы код был другим с TAG->C, а не TAG->*, как в реальности. Такой код, действительно есть, у оболочечников, что-ли. Т.е., такой вариант кода несёт часть сигнала. В остальном, в вариантах сигнал пропадает.

Исключается ли возможность того, что не открыты какие-то химические законы, обуславливающие обнаруженные симметрии? Исключается ли вариант, что сами эти симметрии - химический закон, объяснение которого может быть позже найдено?

Имеются точные арифметические равенства (неуловимая для "химии" точность) нуклонов в наборах аминокислот и их частей (которые выделяются абстрактно, исходя из подобия структуры, но физически они так не делятся), которые в реальности никогда нигде не группируются. Как это возможно? Не говоря о символьных симметриях обобщённых кодонов. Если причина в каком-то материальном объекте, то он должен был хранить какое-то доступное для обработки абстрактное представление кода, кодонов и аминокислот. Т.е. сразу мы упираемся во что-то типа компьютера.
Тем не менее, авторы сделали статистические тесты (насколько это возможно) в обеих работах (Appendix B. Statistical test в https://arxiv.org/abs/1303.6739 и APPENDIX. DESCRIPTION OF STATISTICAL TEST в https://arxiv.org/abs/1707.03382). Закономерно, связать сигнал с физикохимическими и эволюционными соображениями не получилось. Вероятность случайного появления оказалась мала. При том, что "детектор сигнала" в стат. тесте, по необходимости упрощён.

[Toman]

Исследовался ли генетический код вариантов?

Все они - какие-то единичные отклонения от "стандартного".

Исключается ли возможность того, что не открыты какие-то химические законы, обуславливающие обнаруженные симметрии? Исключается ли вариант, что сами эти симметрии - химический закон, объяснение которого может быть позже найдено?

Только тогда уж не химический, а биологический. Код формировался в системах, относящихся к области интересов именно биологии.

Понятно. В компьютерных терминах не код, а кодировка.

И код тоже. Кодировка - только часть кода, собственно таблица конечных символов. Когда перед наукой стояла задача понимания ("расшифровки") генетического кода, нужно было не только составить таблицу, но и понять, как вообще эти символы кодируются и вычленяются, т.е. что они кодируются триплетными кодонами, никак не разделёнными между собой. Все эти сведения вместе - именно код, а не кодировка/кодовая таблица.

[Awwal12]

Если вопрос подразумевает желание "датировать", то ответ: "до жизни".

А это, на самом деле, лишь допущение. Из того, что вся (и ключевое слово - "почти") наблюдаемая жизнь имеет одну и ту же кодировку, строго говоря, никак не следует, что так обстояли дела изначально.

[Toman]

А это, на самом деле, лишь допущение. Из того, что вся (и ключевое слово - "почти") наблюдаемая жизнь имеет одну и ту же кодировку, строго говоря, никак не следует, что так обстояли дела изначально.

Но всё же именно такой вариант представляется наиболее вероятным. Потому что сценарий тотального выпиливания параллельных уже полноценно возникших вариантов жизни представляется несколько странным из чисто биологических и экологических соображений. Т.е. если варианты с другими кодами и были, они по крайней мере до уровня индивидуальных организмов, в нашем понимании, не успели дорасти.

[Python]

По поводу РНК и аминокислот. Все мы знаем, что аминокислоты доставляются к рибосоме на место синтеза белка при помощи транспортных РНК, которые липнут к соответствующим триплетам матричной РНК и отдают аминокислотный остаток. За кадром остается, каким образом аминокислота попадает в эту транспортную РНК. Каждая тРНК сама как-то ловит аминокислоты своего вида? Или где-то некие ферменты присоединяют аминокислоты к тРНК?..

[yurifromspb]

Или где-то некие ферменты присоединяют аминокислоты к тРНК?..

Ферменты. У каждой аминокислоты свой фермент, который узнаёт все её тРНК.

[Bhudh]

Но всё же именно такой вариант представляется наиболее вероятным.

Ошибка выжившего.

[Toman]

Ошибка выжившего.

Э, нет. Чтобы так рассуждать, нужно представить себе, грубо говоря, что, сформировавшись примерно одновременно, эти первые организмы с разными кодами (ставшие уже таковыми в результате отграничения от внешней среды) вдруг почему-то замерли в своей эволюции, не стали расходиться сразу на разные виды, занимая разные экологические ниши - а упорно ждали распространения по всей Земле в неизменном виде, конкурентного сражения между единственными для каждого кода представителями, победы только одного - и вот только после этого уже типа можно начинать нормально эволюционировать. Потому что после уже произошедшего хоть какого-то эволюционного расхождения и занятия разными видами разных экологических ниш тотальное вытеснение представителями одной линии других, примерно сопоставимых по уровню развития, как-то экологически неправдоподобно. Как известно, всякие экологические ниши в типичном случае занимают сразу по нескольку/множеству разных видов, друг с другом как-то особо не пытающихся обмениваться генетическим материалом и соотв. абсолютно безразличных на предмет взаимной совместимости генетических кодов, и крайне редко какой-то единственный вид вытесняет все остальные - и во всяком случае не в масштабах всей планеты.

Такое тотальное вытеснение потомками одной линии всех остальных, если они были, можно объяснить только тем, что представитель только одной линии успел достигнуть радикально превосходящего уровня организации (который мы называем клеточным в привычном нам виде, и с достаточно развитой биохимией), после чего его потомки заняли вообще все экологические ниши, а остальные линии вообще не успели достигнуть этого уровня, позволяющего выходить из химической "колыбели", раньше, чем оная была по всей планете сожрана подчистую потомками того представителя.

Ну или другой вариант - что остальные варианты если и были, и достигли сопоставимого уровня организации, то сформировались в каких-то таких замкнутых местах, из которых просто не было шанса выбраться и распространиться по всей планете. Но тоже странно, что это могут быть за такие настолько замкнутые места - при том, что всякие потоки вещества совершенно определённо требовались в месте зарождения жизни. Так что это тоже выглядит не очень правдоподобным.

[Bhudh]

после уже произошедшего хоть какого-то эволюционного расхождения и занятия разными видами разных экологических ниш тотальное вытеснение представителями одной линии других, примерно сопоставимых по уровню развития, как-то экологически неправдоподобно

Сотни эндемиков, вытесненных и уничтоженных конкурентноспособными инвазивными видами, плачут горькими слезами.

[Бенни]

Сколько было великих вымираний весьма дифференцированных групп организмов, начиная по крайней мере с эдиакарской фауны и заканчивая динозаврами!