1) Пяти минут обычно достаточно для посадки всех пассажиров в вагон.
Для неорганизованной группы цивилов - безусловно, недостаточно. Или для любой группы вообще, если морально не подготовленный заранее проводник надумает устраивать прямо во время посадки проверку документов в обычном порядке.
то часть пассажиров запустят через соседние вагоны
Единичные количества ртдельно едущих цивилов запускать так имеет смысл (и на коротких стоянках издавна официально разрешено садиться через любой вагон). С большой группой, заполняющей целый вагон, это было бы только хуже: либо соседние вагоны, собственно, так же заполняются другими частями той же самой группы, либо они уже заполнены цивилами, и прохождение через них кучи школьников, студентов и иже с ними, со столитровыми рюкзаками и кучей коробок оборудования, или попытки передачи оных по цепочке, превратятся в стихийное бедствие, плюс к тому это сразу означает невозможность пересчитать успешно севших в поезд участников группы, итого полный хаос и только бо́льшие задержки в итоге. Так что нет, с группой это не проходит.
Посадка не закончится, пока проводники всех вагонов не запустят всех пассажиров, поднимут трапы и дадут одновременную отмашку флажком/фонарём. Только после этого машинист запросит разрешение на отправление и дежурный по станции даст его. Поезд тронется и отправится.
Процедура немножко отличается. Там не отмашка, а просто показ ручного сигнала (свёрнутый жёлтый флаг или белый фонарь). Запрос машинистом у дежурного разрешения на отправление чаще всего практически нереализуем, т.к. запросить по радио можно было бы только у дежурного, сидящего за пультом - но тогда он не видит, что происходит на платформе, и не может сам с платформы дать ручной сигнал, а когда он на платформе с ручным сигналом и непосредственно видит происходящее и ручные сигналы проводников - при нём нет радиостанции

Так что дежурный (на тех станциях, где требуется его ручной сигнал) просто смотрит, убеждается в завершении высадки-посадки и показе проводниками сигналов, и даёт свой сигнал машинисту. Там, где дежурный не должен давать ручной сигнал, он даёт разрешение отправляться устно по радио - но при этом не может убедиться в завершении высадки-посадки и показе проводниками сигналов - так что в этом убеждается сам машинист или помощник (смотря с чьей стороны платформа) через боковое окно кабины - впрочем, посмотреть с обеих сторон на состав они в любом случае должны, где это физически возможно.