А если язык бесписьменный или традиция не сложилась?
Есть пример смены алфавита. Не совсем тюркский, но близко. В калмыцком изначально писали Ӓ, Ӧ, Ӱ, но в 1950-е провели реформу и стали писать Ә, Ө, Ү.
В якутском в принципе тоже. В миссионерском алфавите было именно Ӧ, Ӱ, но в 1939 почему-то перешли на Ө, Ү, хотя сохранили Ҕ, Ҥ. А в том же алтайском вернули старую кириллицу почти без изменений.
В карачаево-балкарском дважды пытались провести реформу алфавита, в 1960-х и 2010-х, и в обоих случаях рассматривали только Ө, Ү (по сути алфавит получился бы почти идентичным каракалпакской кириллице).
Но есть ещё важное применение. В работах по тюркологии либо используют транскрипцию восходящую ещё к XIX веку, с Ӓ, Ӧ, Ӱ, либо основываясь на современной кириллице с Ә, Ө, Ү.
Вот если мне захотелось написать предложение на условно чагатайском языке, что мне делать?
Латиница тоже не панацея, ибо хотя Ä, Ö, Ü вполне универсальны, но там другие спорные моменты. Для [ы] потенциально может быть пять вариантов (y, ı, ï, ɨ, ɯ), для [дж] пять (j, ǰ, ǯ, dž, dʒ), для увулярного [гъ] пять (γ, ɣ, ğ, ġ, ʁ) и т.п. В кириллице, правда, тоже не сильно лучше, как раз для последних двух тоже не меньше пяти вариантов.