Только тем, что стоячая вода более мутная и задерживает в себе солнечный свет?
Вообще-то как раз чем быстрее течение, тем более мутная вода, в общем случае. Конечно, местные условия могут переворачивать ситуацию. Но самые бурные горные реки - по крайней мере, в период своего паводка - это самые мутные и насыщенные наносами воды, какие только бывают. В то же время вне паводка горная река, текущая из каких-нибудь потихоньку тающих снежников при прочных скальных грунтах и почти отсутствующей почве, конечно, имеет чистую прозрачную воду, т.к. всё, что могло смыть, смыло в паводок. Равнинные реки в паводок тоже на порядки более насыщены взвешенными наносами, чем в межень. Однако в межень они могут также получать всякую мутность - в нашей средней полосе в основном из-за человеческой деятельности. Или непосредственно какие-то выбросы, или смыв с распаханных полей, стройплощадок, автодорог. Или избыточное размножение водорослей на минеральных загрязнениях (удобрения с полей, бытовые сточные воды).
Но... Насколько я могу судить по тому, что вижу на спутниковых снимках, как раз наоборот, река с мутной водой должна бы меньше прогреваться. Потому что мутная река, как правило, выглядит более светлой, чем с прозрачной водой. По крайней мере это так для наших равнинных рек средней полосы, имеющих либо довольно тёмное (покрытое растениями) дно, либо довольно тёмную (торфяную) воду, либо просто достаточно глубокое русло, чтобы свет на глубине поглощался достаточно полно - так что реки и озёра на спутниковых снимках выделяются как тёмные объекты. Мутная же вода имеет цвет и светлоту, более похожие на цвет и светлоту голого грунта на суше, т.е. значительно светлее. Бо́льшая доля света отражается сразу из первых же, грубо, 10-20 см. Случаи, когда неглубокая река с прозрачной водой выглядит не темнее мутной, иногда всё-таки бывают, но в основном не в нашей местности. Это должно быть скорее какое-то мелкое и широкое каменистое русло, с не заросшими камнями (т.е. с ежегодными лютыми паводками, которые уносят весь песок и мелкие камешки, и сдирают всю растительность), и при этом чтобы камни были сравнительно светлыми.
Правда, всё это относится в основном к видимому диапазону - о том же, как выглядят реки разной мутности в ИК, я ничего не знаю, увы (а это не менее важно с точки зрения прогрева, ведь и от солнца в (ближнем, в основном) ИК приходит значительная доля энергии, и наземные предметы обмениваются между собой и излучают в космос в (дальнем) ИК очень существенно).
Интуитивно мне кажется, что вода в реке с быстрым течением должна быть холоднее, чем в медленной реке. Но чем это можно объяснить?
Думаю, это обычно связано с тем, что чем быстрее течение, тем, как правило, более недавно вода вышла из своего источника - а источник обычно достаточно холодный - ледник, снежник в горах или при снеговом половодье у нас на равнине, либо как минимум подземные воды, которые в нашей местности выходят с температурой около 6..10 градусов, что летом холоднее установившейся температуры для водоёма. А где-то подземные воды и того холоднее, тогда как лето может быть жарче, что даёт ещё более резкий контраст.
Как раз в прошлом году на мероприятии в июне я сам был удивлён, залезши с измерительным прибором (кондуктометр, совмещённый с термометром, а также pH-метром, но pH-метр давно сдох и показывает отсебятину, и потому не использовался) в руках непосредственно в место слияния одной речки со своим притоком. Разницу температур, однако, почувствовал сразу без всякого прибора, своими ногами. Прибор потом показал, что в притоке было 19 градусов, а в основной речке 15. Ширина и глубина русла основной речки и устья притока различались довольно мало, сечение - может быть, в полтора-два раза, не больше. Но скорость течения у притока в разы меньше. Кроме того, приток это выходит из недалеко лежащего озера и, видимо, лишь очень немного пополняется подземными, в т.ч. родниковыми, водами. А основная река вытекает из далеко лежащего очень маленького озерца, далее через озёра до этой точки не протекает, и более значительно пополняется подземными водами. Хотя обе реки, конечно, абсолютно равнинные, ни каких бурных потоках там речи нет - просто в одной течение измеряется первыми дециметрами в секунду, а в другой - лишь сантиметрами в секунду, как-то примерно так там было.