Тогда и надо писать транскрипцию через [а], ведь вы же тоже понимаете, что это совсем не тот гласный, который А под ударением! Отличать в транскрипции предударный от непредударного, но не отличать от ударного - какой-то необъяснимый волюнтаризм.
Я и пишу [məɫɐˈkʰoˑ]. Но это лишь один из вариантов. Фонетическая запись — это запись произношения конкретного человека, т. е. идиолекта. Реализации между идиолектами и внутри идиолекта отличаются между собой в зависимости от языковых и неязыковых факторов. Это требуется усреднить. Просто сложением множества произношений этого корректно сделать не молучится — у нас нет данных о произношении каждого человека в каждой ситуации. Приходится обращаться к фонематике, а там своих проблем хватает. Есть также и разные нотации. Например, транскрипцией русским буквами я пишу более упрощённые формы, чем когда использую МФА.
В моём примере отличие ударного [а] от предударного не играло роли, поэтому я позволил себе специально предударный не обозначать (и в записи русскими буквами я этого и не делаю, так как акустически этот звук носителями отождествляется с [а]).

Записан
«Вот интересно, каких лингвистических жемчуг можно найти в море отодвинутых книг», Ян Гавлиш.
«Впредь прошу помнить, что придумал игру не для любых ассоциаций, а для семантически оправданных. Например, чтó это такое: „рулетке“ — „выпечке“?? Тем более, что сей ляпсус я сам совершил…», Марбол
«Ветхий Завет написан на иврите и частично на армейском», Vesle Anne
«МЛ(ять)КО … ПЛ(ять)NЪ», Тася
«Вот откроет этот спойлер, например, Марго, ничего не подозревая, а потом будут по всему форуму блюющие смайлики…», Авал
«Томан приличный мужчина. Правда по патриархальным меркам слегка голодранец», Vesle Anne
«Возможен ли фонетический переход "ж" в "п с придыханием"», forest