ИМХО, у них достаточное количество "мягких" согласных, чтобы вводить "русскую" систему.
1) Как раз то, что там сделано, делает систему совсем "не русской" по сути. В русском более-менее все твёрдые-мягкие пары могут чередоваться в определённых случаях, и хотя бы поэтому обозначение одной буквой осмысленно. В пермских палатальные не чередуются с зубными, чьими буквами пишутся, поэтому использование одной согласной буквы бессмысленно и беспощадно;
2) Количество согласных тут не играет роли. Только один палатальный ряд, вот и всё. Ради получения одного ряда при уже имеющихся трёх извращать стройную систему гласных букв (которая как раз из-за "русской" системы основополагающая для всей орфографии) - это нехорошо. Невзирая ни на какие количества букв. Тем более, что, при более внимательном рассмотрении, я вижу уже две согласные буквы, которые всё равно пришлось добавить - для обеих аффрикат. Для звонкой просто не нашлось "базовой" в русском алфавите (хотя из нерусского-то можно было бы взять "зело"), а под глухую почему-то "запомоили" букву "ч", так что для настоящего Ч пришлось делать новую букву. Итого имеем (из того, что прямо относится к проблеме записи палатального ряда): 2 согласные доп. буквы, 2 гласные доп. буквы, плюс упомянутые вами же выше красоты врозе зьы (для количественной оценки можно засчитать ьы за ещё одну дополнительную букву - каковую вы, грубо говоря, и предлагаете ввести, если я правильно понял). Итого, 5 доп. букв.
Если же для каждого палатального согласного, не мудрствуя лукаво, выделить по доп. букве - понадобилось бы 8 доп. букв - и без всякого нарушения логичности системы и без костыльных букв типа Ӥ и Ӧ (вторая вынуждена появиться фактически только из-за того, что Э занята). Не так уж страшно - ну, на 3 буквы больше. (А, ну да, мягкий знак таки можно было бы выкинуть из алфавита, если бы не желание писать русские слова в оригинале - так что теоретически вообще только на 2 буквы больше).