Сколько исследователей, столько и методик, и каждый считает свою методику самой правильной. И у каждого акцент на различные аспекты языка...
ИМХО, доказательная база ностратики и любой другой макросемейной гипотезы всегда останется косвенной, уж слишком многое тут зависит от умозрительных допущений, от приоритетов, круга интересов, знаний и просто тараканов исследователя. Эти доказательства всегда можно подвергнуть сомнению, не верить им или просто не принимать при помощи сотен аргументов типа "методика слабая", "случайные созвучия", "это не может доказать родственность" и прочее и прочее. Другое дело, что детально и исчерпывающе доказывать обратное от критиков не требуется, достаточно лишь отыскать несколько уязвимых точек. Все зависит от веры и оптимизма каждого. Лично мне доказательства кажутся довольно убедительными, а сама гипотеза логичной.