Рассуждаю совершенно абстрактно.
Какой бы аналитический язык мы не взяли, он вполне достаточен для выражения того, для чего в других, не аналитических языках используются флексии. Я не могу представить каких-то внутренних причин для появления флексий в аналитическом языке.
А вот внешние причины запросто. Распространенный билингвизм, когда один язык аналитический, а другой нет, как мне кажется, может изменить аналитический язык, снабдив его флексиями.
Бабушка, закрой виндовку - это по-русски. А вот так "Grandma, close the windowku" невозможно? Я не про конкретные русский и английский, а про схему, механизм.