Je ne saurais pas donner une explication exhaustive, mais, d'après moi, ces mots s'utilisent quand il s'agit d'un espace de temps plus concret.
On dit "dans la matinée/journée/soirée" pour indiquer de quelle heure du jour il s'agit.
Les mots "jour", "matin", "soir", "an", ont un sens plus général.
Par exemlple, on dit "Bonjour" quand on vous salue (sens general).
En même temps, on dit "Bonne journée" quand on prend congé au téléphone. Il s'agit dans ce cas d'un espace de temps concret (le reste de ce même jour).
Il en est de meme de "Bonne année".
Le mot "soirée" s'emploie aussi dans le sens "вечеринка". "Matinée" a un sens similaire (утренний прием).
L'italien offre de pareilles nuances d'emploi des mots correspondants (giorno/giornata etc.).