…для тех, кто боится взглянуть чередованиям в лицо 
Всякое чередование - это самостоятельное правило. А также увеличение количества фонем с обеих сторон (одна - которая вынужденно чередуется, и другая - которая это дело вызывает). Зачем вводить какие-то индивидуальные правила в тех случаях, когда всё спокойно описывается простым сложением морфем, записанных удобным способом. Кроме того, истинные чередования обычно ощущаются носителем как что-то специальное, именно как чередования. Тогда как автоматическая подстройка по мягкости таковой не ощущается, а ощущается именно как простое сложение каких-то морфем.
Зависит от того, чьим аллофоном считать шва.
Для начала, хорошо бы определиться, сколько их вообще, этих шёв. Вы, судя по построению фразы, предполагаете, что она одна. А по моей схеме (да, это уже в рамках ЛФШ!) их скорее всего две (которые я в сообщении выше предложил обозначить как /ъ/ и /ь/, где первая представляет безударные (твёрдую) А и О, а вторая - безударные Я(кроме якающих говоров), Е, И, Э, Ы (кроме случаев специальной потери редукции) ). И вообще, какие-такие аллофоны у вас в ЛФШ? Если уж вы говорите, что она шва, то так и надо писать, а не выискивать какого-то собрата из сильной позиции. А если в том произношении, которое вы хотите отразить, редукции нет - то тогда это будет уже вовсе не шва, видимо.
А что, были сомнения? Лучше уж от говора, чем от словарного запаса отдельного индивида, как в МФА.
Не лучше, а просто это разные представления. Фонематическое (МФШ) - которое вполне может зависеть не только от словарного запаса, но и от конкретного осмысления этимологии конкретным носителем. И фонетическое (ЛФШ) - которое зависит от произношения, и только в силу то ли недостатка фантазии на термины, то ли в силу упёртости и злонамеренной путаницы, использует тот же термин "фонема" для расширенных полей фонетических звуков. Я не понимаю, зачем нужно обязательно выбирать, какое из них лучше, если они служат вообще для разных задач.
Да я как-то и не ставлю перед собой цель оправдать исторически сложившиеся орфографические идиотизмы.
Так это же не чисто орфографическое (тем более, что в орфографии Э чаще как раз и нету), это отражение реального произношения. Вы, с вашей одной швой, конечно, можете считать неразличимыми безударные А, О, Э и Ы. А для меня это три явно разные вещи, где Э нельзя эквивалентно заменить на А/О или на Ы без изменения произношения.