Тюркский ротацизм-зетацизм и ламбдаизм-сигматизм объясняется из чередования r и r2, l и l2 на праалтайском уровне. Подобное реконструируется для прачукотско-камчатского с чередованием разных типов l и близких им шумных, r и č, нескольких типов s, t...
А ещё в каких семьях на прауровне реконструируется чередование?
Праславянские палатализации.
В ПИЕ чередование *-r-/-n- в гетероклитических основах. Только непонятно, морфологическое оно или фонетическое.