Лингвофорум

Вдруг стало интересно, насколько люди хорошо представляют, что это такое.
Те, кто считает, что знает, могут поделиться пониманием в комментариях, желательно, без копипасты.

Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Цитата: yurifromspb от сентября 20, 2018, 19:28
Те, кто считает, что знает, могут поделиться пониманием в комментариях, желательно, без копипасты.

Если очень упрощённо - это как азбука Морзе, где каждой букве алфавита соответствует сочетание тире и точек. Только вместо тире и точек - четыре нуклеотида, вместо букв - 22 аминокислоты, из которых состоят белки. Каждая аминокислота зашифрована тройкой нуклеотидов.

Цитата: Lodur от сентября 20, 2018, 20:04

Цитата: yurifromspb от сентября 20, 2018, 19:28
Те, кто считает, что знает, могут поделиться пониманием в комментариях, желательно, без копипасты.

Если очень упрощённо - это как азбука Морзе, где каждой букве алфавита соответствует сочетание тире и точек. Только вместо тире и точек - четыре нуклеотида, вместо букв - 22 аминокислоты, из которых состоят белки. Каждая аминокислота зашифрована тройкой нуклеотидов.

Можно еще упомянуть, что копирование осуществляется методом сборки негатива, т.е.на копии вместо аденина собирается гуанин, а вместо цитозина тимин (или в другой последовательности).

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

...в ДНК (за редким исключением некоторых вирусов), с использованием четырехзначного (аденин, цистеин, тирозин, гуанин) кода. Сочетание нуклеотидов кодирует (упрощенно) определенную аминокислоту, последовательность сочетаний - последовательность аминокислот в белке и длину цепи. Раскодирование осуществляется посредством РНК (с более короткими цепями) в рибосомах, где и "собираются" белки. Впрочем, о том, КАК ИМЕННО регулируется само считывание (вопрос "когда какой участок ДНК начинать считывать"), наука до сих пор имеет достаточно смутные представления.

Момент, который я не понимаю — это как в работе кода участвует распределение ДНК по хромосомам. А также где там прячутся два экземпляра каждого гена — отцовский и материнский.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 08:20
А также где там прячутся два экземпляра каждого гена — отцовский и материнский.

Зачем обязательно по два? Может быть один или ноль. А хромосомы в обычных клетках идут парами кагбэ. Каждая пара составлена из одной гомологичной отцовской и одной гомологичной материнской.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 08:20
как в работе кода участвует распределение ДНК по хромосомам

Простите?..

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ну, "растительное масло это масло, которое делают из растений", это, конечно, верно, но не очень информативно.
Да, есть два понимания "генетического кода", первое - способ записи, второе - записанное содержание. Первым часто пренебрегают, хотя оно - основное.

Цитата: Awwal12 от сентября 21, 2018, 09:11
Зачем обязательно по два? Может быть один или ноль. А хромосомы в обычных клетках идут парами кагбэ. Каждая пара составлена из одной гомологичной отцовской и одной гомологичной материнской.

Ну и как эти пары огранизованы?

И как их задолго до секвентирования на собственно пары разбили? Они ж там не разложены в ровные рядочки. Как-то догадаться нужно, что чему соответствует.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 08:20
Момент, который я не понимаю — это как в работе кода участвует распределение ДНК по хромосомам. А также где там прячутся два экземпляра каждого гена — отцовский и материнский.

Это  уже не про код,  к тому же не очень понятен сам вопрос, надо лучше понять ваши представления, чтобы ответить.

Цитата: Lodur от сентября 20, 2018, 20:04

Цитата: yurifromspb от сентября 20, 2018, 19:28
Те, кто считает, что знает, могут поделиться пониманием в комментариях, желательно, без копипасты.

Если очень упрощённо - это как азбука Морзе, где каждой букве алфавита соответствует сочетание тире и точек. Только вместо тире и точек - четыре нуклеотида, вместо букв - 22 аминокислоты, из которых состоят белки. Каждая аминокислота зашифрована тройкой нуклеотидов.

В общем, да, хотя скорее 2 аминокислоты это уже надстройка над кодом, особенно одна.

Цитата: zwh от сентября 20, 2018, 20:25

Цитата: Lodur от сентября 20, 2018, 20:04
Если очень упрощённо - это как азбука Морзе, где каждой букве алфавита соответствует сочетание тире и точек. Только вместо тире и точек - четыре нуклеотида, вместо букв - 22 аминокислоты, из которых состоят белки. Каждая аминокислота зашифрована тройкой нуклеотидов.

Можно еще упомянуть, что копирование осуществляется методом сборки негатива, т.е.на копии вместо аденина собирается гуанин, а вместо цитозина тимин (или в другой последовательности).

Вы с Лодуром говорите о разном. Лодур - о генетическом коде, а вы о копировании ДНК и комплементарности. Это, конечно, тоже код, ногенетическим кодом строго говоря называют другое.

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 09:15

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ну, "растительное масло это масло, которое делают из растений", это, конечно, верно, но не очень информативно.
Да, есть два понимания "генетического кода", первое - способ записи, второе - записанное содержание. Первым часто пренебрегают, хотя оно - основное.

Генетический код кодирует последовательность аминокислот в белках. На рибосоме, мини-заводе по производству белков, сочетанию из трёх стандартных оснований в генетическом коде соответствует определённая аминокислота. Говорю от балды, если в ДНК будет последовательность тимин-гуанин-гуанин подряд, то к белку будет присоединена одна аминокислота, если шли гуанин-гуанин-тимин, то будет другая аминокислота. Есть последовательность, означающая "стоп-машина".

ДНК и РНК и есть генетический код. :umnik:
Но тогда у прионов нет генетического кода? :what:

Прионы это ж белки. Как антитела.

Попробую кратко изложить, что такое "генетический код" и что с его помощью кодируется.

Не секрет, что в живом организме для правильной работы должно синтезироваться очень много разных и крайне разнообразных веществ. Ферменты, гормоны, структурные элементы, контейнеры для всяких токсичных вещей, транспортные шлюзы в мембране и проч. Синтезировать все эти десятки тысяч веществ, приём синтезировать управляемо, в нужное время и в нужном месте, в небольшом объёме клетки кажется довольно трудной задачей.
Так вот, решается это с помощью кодирования структуры основной части этих веществ на удобном носителе. Что это за часть и что это за носитель?
Основная часть разнообразных, нужных для функционирования клетки веществ - белки́. Носитель информации об и структуре - ДНК.
И ДНК и белки - это линейные гетерополимеры, т.е. эти молекулы представляют собой цепочки из определенного набора элементов, как строчки из букв. Только у ДНК одни "буквы", а у белка - другие. ДНК химически инертна, её легко копировать и хранить, а белки - химически очень разнообразны, сделал одну цепочку букв - будет разлагать крахмал, сделал другую - будет хвостиком жгутиком махать.

Так вот, если совсем кратко, генетический код - это связь между структурой (последовательностью букв) кодирующей ДНК и кодируемого белка. Это алгоритм, зая который, вы по структуре кодирующей ДНК сможете узнать структуру кодируемого белка.

Цитата: злой от сентября 21, 2018, 09:43
Прионы это ж белки. Как антитела.

Но откуда они берутся. :what: Неужто сам организм как-то родит прионы? :-\

Цитата: Nevik Xukxo от сентября 21, 2018, 09:37
ДНК и РНК и есть генетический код. :umnik:
Но тогда у прионов нет генетического кода? :what:

"Прионы" это конформация белка. Один человек окривел, расстроился, пошёл другому в рожу дал, тот тоже окривел, пошёл третьему в рожу дал. Такой вод "код".

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 09:15

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ну, "растительное масло это масло, которое делают из растений", это, конечно, верно, но не очень информативно.
Да, есть два понимания "генетического кода", первое - способ записи, второе - записанное содержание. Первым часто пренебрегают, хотя оно - основное.

Ну, вы спросили о коде - я, например, именно о нём и ответил (тем более, мы ж на Лингвофоруме). Выпустив всякие синтезы, рибосомы, и прочие биохимические сведения, а тем более, подробности о том, что закодировано и для чего, как не относящиеся в коду, как таковому.

Мне понравилась идея yurifromspb, что генетический код - это таблица соответствия.

Цитата: злой от сентября 21, 2018, 09:32

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 09:15

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ну, "растительное масло это масло, которое делают из растений", это, конечно, верно, но не очень информативно.
Да, есть два понимания "генетического кода", первое - способ записи, второе - записанное содержание. Первым часто пренебрегают, хотя оно - основное.

Генетический код кодирует последовательность аминокислот в белках. На рибосоме, мини-заводе по производству белков, сочетанию из трёх стандартных оснований в генетическом коде соответствует определённая аминокислота. Говорю от балды, если в ДНК будет последовательность тимин-гуанин-гуанин подряд, то к белку будет присоединена одна аминокислота, если шли гуанин-гуанин-тимин, то будет другая аминокислота. Есть последовательность, означающая "стоп-машина".

А цитозин куда делся?

Цитата: злой от сентября 21, 2018, 10:36
Мне понравилась идея yurifromspb, что генетический код - это таблица соответствия.

Ну, это не моя идея.  ;) Вообще, "код", по определению (хотя само слово "код" многозначное, конечно) это способ преобразования строки строки в каком-то алфавите во что-то ей соответствующее, например в строку в другом алфавите.
А конкретно генетический код обычно так и изображают, в виде таблицы.
(http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/roypta/370/1969/2987/F1.large.jpg)

(это, правда, не стандартный код, в стандартном TGA - stop, либо в определенном контексте, разном у разных видов - селеноцистеин, особая аминокислота)

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 09:17
И как их задолго до секвентирования на собственно пары разбили?

По внешнему виду. ;D
Ну и да, при делении они собираются в пары.

Цитата: Awwal12 от сентября 21, 2018, 12:14
Ну и да, при делении они собираются в пары.

Какие-то умные молекулы получаются -- как в рекламе стирального порошка.  :donno:
Не представляю себе, как это возможно.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 17:32
Какие-то умные молекулы получаются -- как в рекламе стирального порошка.  :donno:

Какие ещё "молекулы"? Это агрегаты, буквально увешанные разнообразными белками.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 17:32

Цитата: Awwal12 от сентября 21, 2018, 12:14
Ну и да, при делении они собираются в пары.

Какие-то умные молекулы получаются -- как в рекламе стирального порошка.  :donno:
Не представляю себе, как это возможно.

Довольно-таки умные. Достаточно сказать, что для нормального функционирования ДНК в ядре должна быть довольно сильно размотана (но не как попало), а для деления - собрана в компактные штуковины, и переход туда-обратно должен быть достаточно надёжным. Естественно, организуется это всё довольно большим количеством молекул помимо собственно ДНК, и естественно, с затратой энергии, это "нанотехнологии"  :green:, а  не случайное блуждание в растворе.

Цитата: zwh от сентября 21, 2018, 10:49
А цитозин куда делся?

злой имел ввиду конкретные триплеты.

Цитата: Lodur от сентября 21, 2018, 10:20

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 09:15

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Код — это запись информации, сделанная методом кодирования.
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ну, "растительное масло это масло, которое делают из растений", это, конечно, верно, но не очень информативно.
Да, есть два понимания "генетического кода", первое - способ записи, второе - записанное содержание. Первым часто пренебрегают, хотя оно - основное.

Ну, вы спросили о коде - я, например, именно о нём и ответил (тем более, мы ж на Лингвофоруме). Выпустив всякие синтезы, рибосомы, и прочие биохимические сведения, а тем более, подробности о том, что закодировано и для чего, как не относящиеся в коду, как таковому.

Не очень понял, к чему это. Ваш ответ понравился, а вы почему-то отвечаете на мой ответ Bhudh'у.

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 22:01
Не очень понял, к чему это. Ваш ответ понравился, а вы почему-то отвечаете на мой ответ Bhudh'у.

Ну, типа, слово в защиту Будха. :-[ Вопрос можно было понять по-разному; соответственно, и отвечать по-разному.

Цитата: Lodur от сентября 21, 2018, 22:47

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 22:01
Не очень понял, к чему это. Ваш ответ понравился, а вы почему-то отвечаете на мой ответ Bhudh'у.

Ну, типа, слово в защиту Будха. :-[ Вопрос можно было понять по-разному; соответственно, и отвечать по-разному.

А. Но, всё равно не очень понятно. Кажется, вы поняли "способ записи" как "всякие синтезы, рибосомы, и прочие биохимические сведения". Ну, в общем, да, довольно естественное понимание, это я неудачно выразился. Я имел в виду абстрактный "способ", табличку, грубо говоря: то, что порядок мономеров ДНК определяет порядок мономеров белка, и то как он его определяет.

Цитата: Awwal12 от сентября 20, 2018, 20:33
Впрочем, о том, КАК ИМЕННО регулируется само считывание (вопрос "когда какой участок ДНК начинать считывать"), наука до сих пор имеет достаточно смутные представления.

Смотря для каких организмов. Для некоторых наиболее хорошо изученных бактерий это известно в детальных подробностях. У эукариот, у архей, у некоторых вирусов (имеющих собственные подсистемы управления экспрессией), у некоторых "необычных" бактерий, конечно, бывает большее разнообразие механизмов регуляции, и там больше неизученных моментов - но это просто потому, что общее количество материала (способов регуляции) гораздо больше.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 08:20
Момент, который я не понимаю — это как в работе кода участвует распределение ДНК по хромосомам.

Никак не участвует. Хотя для некоторых "подсистем" всё же важно, чтобы их гены находились непосредственно друг за другом - но вот на какой именно из хромосом будет располагаться весь этот единый блок - не важно. Так что сам хромосомный набор может иногда меняться за счёт разделения или слияния хромосом, и если это событие не сломает какой-то важный ген или единый блок генов, то это и не отразится на фенотипе. Только будут некоторые проблемы со скрещиванием с другими представителями своего вида с неизменным набором. Однако даже эти проблемы, очевидно, не совсем фатальные - иначе бы изменения хромосомного набора у организмов с половым размножением вообще почти не могли бы происходить - а они таки происходят, и довольно часто по меркам темпов эволюции/видообразования.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 08:20
А также где там прячутся два экземпляра каждого гена — отцовский и материнский.

Один на хромосоме материнского происхождения, другой на хромосоме отцовского происхождения.

Цитата: Awwal12 от сентября 21, 2018, 09:11
Зачем обязательно по два? Может быть один или ноль.

А у растений и многих протистов может быть и три, и четыре, и более.

Цитата: Hellerick от сентября 21, 2018, 09:17
И как их задолго до секвентирования на собственно пары разбили?

В смысле, как установили распределение тех или иных генов по хромосомам?

Ибо собственно в разбиении на пары секвенирование вообще ни при чём, и никак в этом деле помочь не может. Тот факт, что гены в большинстве своём присутствуют (у соотв. организмов, на изучении наследования признаков у которых и начиналась генетика) именно в двух экземплярах от двух родителей, стало понятно именно по логике наследования некторых бинарных признаков (законы Менделя). Хромосомы - да, их можно (у животных, растений и многих других эукариот, но таки не у всех) увидеть в хороший микроскоп во время клеточного деления, когда они находятся в компактном состоянии. И если они чётко различаются по размерам, то да, можно уже так понять, что они парные. Но такое чёткое различие по размерам имеется не всегда, а число хромосом может быть и очень большим, так что визуально их на пары не особо-то и разобьёшь. Но во время мейоза они непосредственно физически выстраиваются в пары именно для того, чтобы правильно поделить диплоидный набор на два гаплоидных, а не на два дефектных не-пойми-чего - и в этот момент их, при желании, можно увидеть.

А что касается распределения генов (известных по кодированию какого-то признака/каким-то нелетальным мутациям) по хромосомам - то у организмов, имеющих половое размножение, и размножающихся достаточно быстро (но при этом таких, чтобы исследователь мог индивидуально организовывать спаривание конкретных экземпляров) можно путём долгих нудных исследований нарисовать генетическую карту на основе сцепленности наследования тех или иных генов попарно. Если провести такую работу над количеством генов (бинарных признаков/мутаций), приблизительно в разы/десятки раз превышающим число пар хромосом у организма, то в общем можно понять, как эти гены распределены по хромосомам, и приблизительно понять, сколько всего пар хромосом (с точностью до каких-нибудь очень маленьких хромосом или просто несущих очень мало функциональных генов, из-за чего способных просто не попасть в рассмотрение). Поскольку карта даёт некоторые (довольно приблизительные, но всё-таки) количественные оценки расстояния между генами, можно попытаться сопоставить полученные таким образом данные о размере хромосом с размерами визуально наблюдаемых в микроскоп.

...Ну и да, данные просто секвенирования как такового далеко не всегда в принципе могут дать ответ о числе хромосом, как ни странно это кому-то покажется на первый взгляд. Потому что есть такое страшное для любого "секвенаторщика" слово - повторы. А повторы могут сидеть как на концах хромосом, так и где-нибудь в середине - так что понять, как расположены относительно друг друга прочитанные и собранные уникальные участки, вообще говоря, довольно нетривиально. Хотя для преодоления этой проблемы есть целый ряд специальных методов - но каждое задействование такого метода - это как бы уже отдельное мероприятие сверх первоначального "обычного" секвенирования основной массы материала, и при этом оно значительно сложнее и дороже "обычного" секвенирования тем же методом. Если же области повторов попадутся серьёзно длинные (настолько, что манипуляции с молекулами ДНК такой длины in vitro крайне затруднены или вообще невозможны по соображениям их размера и механической прочности - а это что-то начиная от порядка больших десятков тысяч-первых сотен тысяч пар оснований и всё что больше), то и эти методы борьбы становятся неосуществимыми.

Цитата: Awwal12 от сентября 21, 2018, 12:14
Ну и да, при делении они собираются в пары.

Не при любом, а при мейозе всё-таки (я выше уже написал). При митозе парами не собираются, а просто делятся две копии каждой отдельной хромосомы.

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 11:59
А конкретно генетический код обычно так и изображают, в виде таблицы.

Лично мне на порядок более наглядным представляется рисунок в виде круга, разделённого вначале на 4, потом на 16 и снаружи на 64 сектора (ничуть не менее распространённый, по крайней мере, в наше время, чем такая таблица). Там прямо сразу понятен порядок букв (и полностью триплет можно и не выписывать вообще), в отличие от таблицы, где априори ни хрена не понятно, кто идёт первым - строка или столбец, а третье измерение вообще не задействовать из-за двумерности рисунка, и приходится рисовать список - короче, со всех сторон менее красиво и менее читаемо.

Цитата: Nevik Xukxo от сентября 21, 2018, 09:45
Но откуда они берутся. :what: Неужто сам организм как-то родит прионы? :-\

Скажем так, некоторые из функциональных, нужных для чего-то, в целом совершенно обычных, белков не очень хорошо сконструированы в процессе эволюции, в том смысле, что их нормальная, рабочая конформация не является термодинамически стабильной при физиологических условиях, а является лишь метастабильной. В некоторых из таких случаев, хуже того, оказывается так, что термодинамически стабильная (нерабочая, а часто и токсичная/разрушительная для тех или иных клеток/тканей) конформация при встрече с метастабильной рабочей облегчает переход её в подобную себе стабильную (подобно тому, как кристаллик или капелька воды инициируют фазовый переход из переохлаждённой воды или пара соотв.) Если выполнены два этих условия - то от такого белка постоянно исходит потенциальная угроза, а его стабильную токсичную конформацию можно называть прионом.

Во многих случаях там не просто аналогия, а реально фазовый переход, т.е. метастабильный растворимый белок переходит в кристаллы или в не вполне упорядоченные агрегаты.

Цитата: Toman от сентября 24, 2018, 20:32
Скажем так, некоторые из функциональных, нужных для чего-то, в целом совершенно обычных, белков не очень хорошо сконструированы в процессе эволюции, в том смысле, что их нормальная, рабочая конформация не является термодинамически стабильной при физиологических условиях, а является лишь метастабильной.

Да как бы вообще не любой белок можно перевести в амилоидную форму, бета-слои, знаете ли, вообще очень стабильны, и дело тут конечно, не (только) в стабильности конформации мономера. Честно говоря, не уверен, что хотя бы в одном случае дело действительно в нестабильности конформации мономера дикого типа. Впрочем, не говорю, что знаю точно.
Ещё, надо помнить, что трансляция идёт с ошибками (а безошибочная требовала бы бесконечной энергии - это фундаментальное свойство мира, "как его знает наука"). Так что появление более склонной к амилоидизации формы - вопрос времени.

Цитата: Toman от сентября 24, 2018, 20:18
Лично мне на порядок более наглядным представляется рисунок в виде круга, разделённого вначале на 4, потом на 16 и снаружи на 64 сектора (ничуть не менее распространённый, по крайней мере, в наше время, чем такая таблица).

Отчасти, дело вкуса, я привык к таблице, хотя, подумав, соглашусь.
(https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/70/Aminoacids_table.svg/1211px-Aminoacids_table.svg.png)
Такое представление, кстати, делает явными некоторые симметрии кода. Например, такая симметрия: если сопоставить зеркально левую и правую части круга, то можно увидеть, что четверки кодонов с одинаковыми первыми двумя нуклеотидами стоят друг напротив друга такими парами: одна четверка из пары кодирует одно значение (аминокислоту или стоп), а другая больше одного. Иными словами, половина четверок кодонов вида XY* (всего 16 таких четверок), кодирует одно значение (если XY* кодирует одно значение, то говорят, что XY - сильная основа кодона), а другая половина кодирует больше одного значения (слабые основы кодонов), и, если в XY переменить нуклеотиды по правилу A<->C и T<->G, то "сила" основы инвертируется. Это преобразование называется "преобразованием Румера".

Генетический код - способ кодирования белков определенными последовательностями нуклеотидов))

(я просто залишу це тут)

Цитата: Medrawd от сентября 24, 2018, 23:27
Генетический код - способ кодирования белков определенными последовательностями нуклеотидов))

;up:

Цитата: yurifromspb от сентября 25, 2018, 00:11

Цитата: Medrawd от сентября 24, 2018, 23:27
Генетический код - способ кодирования белков определенными последовательностями нуклеотидов))

;up:

Спасибо)) А еще он универсален для всех организмов на Земле))

Цитата: Medrawd от сентября 24, 2018, 23:27
Генетический код - способ кодирования белков определенными последовательностями нуклеотидов))

Ура, теперь я знаю, что такое генетический код! Узнать бы теперь, что такое нуклеотиды и их последовательности, а также зачем нужно кодировать белки.

Цитата: Medrawd от сентября 25, 2018, 12:47
Спасибо)) А еще он универсален для всех организмов на Земле))

Существуют небольшие вариации.

Цитата: RockyRaccoon от сентября 25, 2018, 13:16Узнать бы теперь, что такое нуклеотиды

Нуклеотиды - фосфорные эфиры нуклеозидов, дэсу же. ;D

Цитата: RockyRaccoon от сентября 25, 2018, 13:16

Цитата: Medrawd от сентября 24, 2018, 23:27
Генетический код - способ кодирования белков определенными последовательностями нуклеотидов))

Ура, теперь я знаю, что такое генетический код! Узнать бы теперь, что такое нуклеотиды и их последовательности, а также зачем нужно кодировать белки.

Цитата: yurifromspb от сентября 21, 2018, 09:44
Не секрет, что в живом организме для правильной работы должно синтезироваться очень много разных и крайне разнообразных веществ. Ферменты, гормоны, структурные элементы, контейнеры для всяких токсичных вещей, транспортные шлюзы в мембране и проч. Синтезировать все эти десятки тысяч веществ, причём синтезировать управляемо, в нужное время и в нужном месте, в небольшом объёме клетки, кажется довольно трудной задачей.
Так вот, решается это с помощью кодирования структуры основной части этих веществ на удобном носителе. Что это за часть и что это за носитель?
Основная часть разнообразных, нужных для функционирования клетки веществ - белки́. Носитель информации об их структуре - ДНК.
И ДНК и белки - это линейные гетерополимеры, т.е. эти молекулы представляют собой цепочки из определенного набора элементов, как строчки из букв. Только у ДНК одни "буквы", а у белка - другие. ДНК химически инертна, её легко копировать и хранить, а белки - химически очень разнообразны, сделал одну цепочку букв - будет разлагать крахмал, сделал другую - будет хвостиком жгутиком махать.

Так вот, если совсем кратко, генетический код - это связь между структурой (последовательностью букв) кодирующей ДНК и кодируемого белка. Это алгоритм, зная который, вы по структуре кодирующей ДНК сможете узнать структуру кодируемого белка.

Дополню:
Молекула ДНК это такая цепь (колбаса, нить) из звеньев четырёх сортов. Её структура практически не зависит от конкретного набора звеньев. Колбаса и колбаса, хоть там миллиард звеньев будет. И копировать её легко (почему - отдельный вопрос).
Белок - это относительно короткая цепочка (обычно сотни-тысячи звеньев, хотя есть и исключения), структура и свойства которой сильно зависит от конкретной последовательности звеньев.
Система синтеза белка по информации в ДНК можно назвать химическим принтером. Информация храниться на  инертном носителе, "напечатанные" молекулы разнообразны по свойствам и функциям.

Нуклеотиды - звенья ДНК.
Аминокислоты - звенья белков.

Интересно почитать письмо одного из открывателей структуры ДНК Ф. Крика своему 12-летнему сыну об этом открытии.
https://ia801009.us.archive.org/21/items/605321-crick-letter-dna/605321-crick-letter-dna.pdf
Довольно примечателен факт, что ничего не зная о генетическом коде, о кодировании белков, только увидев, что ДНК - сдвоенная нить, в которой каждая цепочка состоит из звеньев четырех сортов и каждая пара стоящих друг на против друга звеньев должна однозначно соответствовать друг другу, так, что зная структуру одной цепи, можно однозначно предсказать структуру второй, так вот, зная только это, Крик уверенно пишет, что ДНК это код, текст, и один ген отличается от другого именно последовательностью букв, как текст, и что строгое соответствие парных цепей друг другу нужно для копирования этого текста. Здесь виден взгляд инженера на инженерное изделие.   ;)

Вопрос о генетическом коде, а РНК упоминается всего в паре постов... Одни ДНК и белки.
Шире надо смотреть на вещи.
Это ж Система!    :smoke:

Цитата: Кассивелан от октября  1, 2018, 00:50
Вопрос о генетическом коде, а РНК упоминается всего в паре постов... Одни ДНК и белки.
Шире надо смотреть на вещи.
Это ж Система!    :smoke:

Ну, если вдаваться во всевозможные детали, то выяснится, что, что такое генетический код, вообще никто не знает.  :)
Хотя РНК важно, конечно, фактически белок синтезируется именно по структуре РНК, а не ДНК.
(http://desertbruchid.net/4_GB_Lecture_figs_f/4_GB_11_DNA_Fig_f/15_12_GeneExpression2.GIF)

Цитата: yurifromspb от сентября 24, 2018, 21:25
Например, такая симметрия: если сопоставить зеркально левую и правую части круга, то можно увидеть, что четверки кодонов с одинаковыми первыми двумя нуклеотидами стоят друг напротив друга такими парами: одна четверка из пары кодирует одно значение (аминокислоту или стоп), а другая больше одного. Иными словами, половина четверок кодонов вида XY* (всего 16 таких четверок), кодирует одно значение (если XY* кодирует одно значение, то говорят, что XY - сильная основа кодона), а другая половина кодирует больше одного значения (слабые основы кодонов), и, если в XY переменить нуклеотиды по правилу A<->C и T<->G, то "сила" основы инвертируется. Это преобразование называется "преобразованием Румера".

По некоторому случаю сделал картинки. Миниатюры со ссылками:

Генетический код	Симметрии	Классификация способов нарисовать таблицу, как фактор-группа по группе преобразований Румера

Цитата: Bhudh от сентября 20, 2018, 20:01
Соотв., генетический код — это запись генетической информации, сделанная методом кодирования.

Ген. код это и есть генетическая информация, никакого спец. кодирования в смысле технических систем там нет, т.е. информация в виде нуклеотидов уже "понятна" системе. Это нам для нас ее надо расшифровывать  :pop: