Пока что я видел лишь сравнения в таких парах, где морфологические отличия не играют значительной роли, напр. датский/шведский/норвежский и их диалекты. Какие методы используют в других случаях?
По ссылке (http://www.isle.illinois.edu/sst/pubs/2013/abunasser13als.pdf) морфологическое расстояние между разновидностями арабского подсчитано отдельно (35-й слайд и далее) — правильно ли я понял, что в этом конкретном случае сравнивают все возможные формы в паре слов?