В каком падеже стоит слово "пальчик" в "мальчик-с-пальчик"? А в каком падеже "ноготок" в "сам с ноготок"? Если это винительный, то как это так, что предлог "с" употребляется с винительным?
Ну, а что странного?
Ср. "с меня ростом", "величиной с дом" etc...