С чем связан такой формант? Подражание облигаторному аканью с редукцией или отдельный формант, стёршийся в современных языках? (Деревня Чернова, село Игумнова — такое нередко можно видеть на картах до сер. XIX в.)
Выравнивание по роду со словом "деревня"?
В Польше тоже встречаются сёла на -owa, да и в Украине есть примеры - правда, на русский они обычно передаются как -овая.
Кстати, есть куча топонимов и на -ина вместо -ино. Всегда их воспринимал как старые притяжательные. Волк → Волково (село), царица → Царицыно (село), Ефрем → Ефремов (город), козел → Козе́льск (город). Поскольку в русском есть деревня, а была еще и весь, то было бы странно, если бы не было топонимов женского рода, образованных по той же модели.