Пример: Инструкция Оператора (далее - Инструкция) определяет в Обществе с ограниченной ответственностью (далее – Организация) обязанности..
Как в данном предложении без потери смысла, оставить в им.падеже Общество с ограниченной ...
Общество с ограниченной ответственностью (далее – Организация), в котором инструкция Оператора (далее - Инструкция) определяет обязанности...
Или разбить на два пункта:
1. Общество с ограниченной ответственностью ... (далее – Организация).
2. Инструкция Оператора (далее - Инструкция) определяет в Организации обязанности...