Такой вопрос, а носители говоров семи/шестифонемной системы различали (или различают, если есть кто в живых?) эти самые фонемы-то? Ну т. е., скажем, е в день и е в встреча на слух отличалось? одно дело произносить, другое дело... просто у Mathieu Avanzi в исследовании французского, там была карта произношения то ли ami-amie, то ли maître-metre, так там часть опрошенных хоть и по разному произносила, но на слух не различала!
Думаю, различают. По крайней мере и сейчас слова есть (имеется, существует) и есть "кушать" вполне воспринимают как разные и вне контекста отдельно, если у кого ять как отдельный звук остался. Так же и с двумя видами о.
https://yunc.org/%C2%AB%D0%9E%C2%BB_%D0%97%D0%90%D0%9A%D0%A0%D0%AB%D0%A2%D0%9E%D0%95