Что правильно?
«Суть выявлена — недостаток.»
или
«Суть выявлена, недостаток.»
Тире, однозначно! (С запятой смысл вообще непонятен.)
А могла бы суть в этом предложении быть обобщающим словом?
Например, так:
Суть выявлена: недостаток, отсутствие чего-либо.
Однозначно здесь надо ставить двоеточие.
Можно еще так:
Суть выявлена (недостаток).