родственны ли эти два слова?
Греч. ὀμφαλός <и.-е. *ombʰl̥os «пупок», диминутив от основы *ombʰ- «пуп». Аналогичные l-вые диминутивы в латинском umbilīcus, прагерм. *naƀulōn, пракельтском emblii̯on-. И.-е. основа *hʷen-bʰ-/hʷn-ebʰ-. Не диминутивы представлены в индоиранском, прагерманском, прабалтийском. Греч. φάλλος — одно из очень многочисленных производных и.-е. ономатопейной основы *bʰel- «набухать».
Хороший пример совершенно различного происхождения слов при внешней схожести и семантической близости (метонимия).