смешанное население в следующих поколениях

[Alexandra A]

Наследование различных аллелей на каждом локусе в хромосомах происходит отдельно?

Нет, конечно. В норме наследуется по полхромосомы целиком (см. мейоз). Но есть такая вещь, как кроссинговер, который периодически (достаточно редко) перетасовывает фрагменты гомологичных хромосом.

Но разные хромосомы наследуются отдельно, независимо друг от друга?

[Кассивелан]

Гены различных хромосом одного из родителей наследуются, ясен пень, поочередно.
Гены гомологичных хромосом обоих родителей наследуются одновременно.

[Toman]

Но есть такая вещь, как кроссинговер, который периодически (достаточно редко) перетасовывает фрагменты гомологичных хромосом.

Редко? Я бы так не сказал. Как бы порядка, грубо, в среднем одного кроссинговера по каждой хромосоме "человеческих размеров" у человека же, вроде как. Т.е. даже отдельная хромосома в гамете будет скорее перетасованной хотя бы однократно, чем нетронутой. А уж чтобы в гамете вообще не оказалось перетасованных хромосом - вообще весьма маловероятно.
"Достаточно редко" - это можно сказать только про перетасовывание аллелей тех генов, которые стоят очень близко друг к другу на хромосоме.

[yomalsidoroff]

фифти-фифти фигня, всё гораздо сложнее. вот средние по больнице данные аргентинцев как пример (по регионам там разные нюансы) :

Argentineans carried a large fraction of European genetic heritage in their Y-chromosomal (94.1%) and autosomal (78.5%) DNA, but their mitochondrial gene pool is mostly of Native American ancestry (53.7%); instead, African heritage was small in all three genetic systems (<4%).

"Фифти-фифти фигня", но не совсем... На мой взгляд, аргентинский пример довольно сносно иллюстрирует то, что уважаемая Alexandra A называет "фифти-фифти". Если предположить, что по мтДНК у аргентинцев на 46% европейское происхождение, то это значит, что общий европейский вклад - около 70%. Это не так уж далеко от 78.5%.