Мой вариант казахского алфавита

[Toivo]

ә, а > a, a
е, ө, о > e, o, o
і, ү, ы, ұ> i, u, i, u
и/й, у > y, w
б, г, ғ, д, ж, з, > b, g, g, d, j, z
л, м, н, ң, р > l, m, n, ñ, r
к, қ, п, с, т, ш > k, q, p, s, t, c
э, в, һ, ф, х, ч, ц, щ > e, v, h, f, x, c, s, c

fxd. А мягкость гласных маркировать апострофом или апексом.

[Lugat]

А чем ударения обозначать?

В тюркском языке? Обозначать ударение? Вы шутите?

А почему бы и нет?  Изафетный суффикс у них ударен или нет? 
Кстати в бумажной версии узбекского словаря я видел ударения на а́тлас и атла́с, может и у казахов имеется что-нибудь такое?

[Karakurt]

Это вроде в арабице так делали? Пусть там останется

[Toivo]

Это вроде в арабице так делали? Пусть там останется

Вы недооценивате арабицу и важность исторической преемственности.

[Karakurt]

Апостроф - не буква.

[Lugat]

Апостроф - не буква.

Когда я в Фонт Криэйторе нажимаю кнопочку Insert Characters, то там имеются не только буквы, но и всё, что есть на письме.

[Karakurt]

ә, а > a, a
е, ө, о > e, o, o
і, ү, ы, ұ> i, u, i, u
и/й, у > y, w
б, г, ғ, д, ж, з, > b, g, g, d, j, z
л, м, н, ң, р > l, m, n, ñ, r
к, қ, п, с, т, ш > k, q, p, s, t, c
э, в, һ, ф, х, ч, ц, щ > e, v, h, f, x, c, s, c

fxd. А мягкость гласных маркировать апострофом или апексом.

Я тут подумал, а ваш вариант неплох. Проще - лучше. Если бы не ң, остались бы только 3 гласных, но они менее важны чем согласные. Единственно я бы объединил х и h в х, а ң сделал бы h/nh (для чистой ascii) или ñ.
Вместо апострофа можно удваивать гласную (ну или как немцы +е) там, где будет путаница, а таких случаев мало.

[Toivo]

Если бы не ң, остались бы только 3 гласных, но они менее важны чем согласные.

Четыре - á, ó, ú, í - а то и все 6, если ставить апостроф/акут и над y и w. Но его можно действительно безболезненно заменить на e перед/после гласного.

Единственно я бы объединил х и h в х, а ң сделал бы h/nh (для чистой ascii) или ñ.

Я пытался совместить несколько критериев: следование традициям латинского алфавита (т.е. выверты типа  Iı vs. İi должны были быть сведены к минимуму), следование логике тюркского языка (если в языке есть гармония гласных - обязательное маркирования различия передних и задних гласных необязательна), связь с предыдущими письменностями и письменностями близких языков (обозначение гармонии гласных, скопированное с казахской арабицы + ñ из других тюркских). То, что предлагаете Вы, ни в один из этих пунктов не умещается. Можно было бы вспомнить, что в самой латинице для звука [ŋ] использовался и используется не только n[g], но и просто g. А для г тогда бы подошло q - как в азербайджанском, только выглядит это как-то не эстетично...

[Karakurt]

Еще можно добавить что гармония гласных не всегда присутствует. Совсем избавляться от мягких гласных плохо - для изучающих язык.

[Toivo]

Совсем избавляться от мягких гласных плохо - для изучающих язык.

Но оппозиция k/q сохраняется (если не выкидывать из алфавита ñ), да и мягкие гласные после твёрдых обозначить через e можно. Проблема будет тогда, когда твёрдый идёт после мягкого, и никакого к/қ рядом нет.
Хотя лично я не вижу ничего плохого, если слова типа республика respuwbliyka начнут произноситься с гармонией гласных: респүублійка.

[Karakurt]

Алтын күн аспаны, Алтын дән даласы, Ерліктің дастаны, Еліме қарашы! Ежелден ер деген, Даңқымыз шықты ғой. Намысын бермеген, Қазағым мықты ғой! Қайырмасы: Менің елім, менің елім, Гүлің болып егілемін, Жырың болып төгілемін, елім! Туған жерім менің — Қазақстаным! Ұрпаққа жол ашқан, Кең байтақ жерім бар. Бірлігі жарасқан, Тәуелсіз елім бар. Қарсы алған уақытты, Мәңгілік досындай. Біздің ел бақытты, Біздің ел осындай!

Altin kún aspani, Altin dán dalasi, Erliktiñ dastani, Elime qaraci! Ejelden er degen, Dañqimiz ciqti goy. Namisin bermegen, Qazagim miqti goy! Qayirmasi: Meniñ elim, meniñ elim, Gúliñ bolip egilemin, Jiriñ bolip tógilemin, elim! Twgan jerim meniñ — Qazaqstanim! Urpaqqa jol acqan, Keñ baytaq jerim bar. Birligi jarasqan, Táwelsiz elim bar. Qarsi algan waqitti, Máñgilik dosinday. Bizdiñ el baqitti, Bizdiñ el osinday!

Altin kun aspani, Altin 'dan dalasi, Erliktiñ dastani, Elime qaraci! Ejelden er degen, Dañqimiz ciqti goy. Namisin bermegen, Qazagim miqti goy! Qayirmasi: Meniñ elim, meniñ elim, 'Guliñ bolip egilemin, Jiriñ bolip togilemin, elim! Twgan jerim meniñ — Qazaqstanim! Urpaqqa jol acqan, Keñ baytaq jerim bar. Birligi jarasqan, Tawelsiz elim bar. Qarsi algan waqitti, Mañgilik dosinday. Bizdiñ el baqitti, Bizdiñ el osinday!

как лучше? иә - 'ya?

[Toivo]

А можно кириллический оригинал?

[Karakurt]

См. выше. (отредактировал)
Наверное для Гүл надо просто gul писать.
Думаю аски-вариант для случая, если только 26 латинских букв возможны.

[Toivo]

А если так? Мягкие гласные как eV, ң как ng?

Altin keun aspani,
Altin dean dalasi,
Erlikting dastani,
Elime qaraci!

Ejelden er degen,
Dangqimiz ciqti goy.
Namisin bermegen,
Qazagim miqti goy!

Qayirmasi:
Mening elim, mening elim,
Geuling bolip egilemin,
Jiring bolip teogilemin, elim!
Twgan jerim mening — Qazaqstanim!

Urpaqqa jol acqan,
Keng baytaq jerim bar.
Beirligi jarasqan,
Teawelsiz elim bar.

Qarsi algan waqitti,
Meanggilik dosinday.
Beizding el baqitti,
Beizding el osinday!

[Karakurt]

Можно, но многие е не нужны. kun - тут k а не q. gul - нет слова ғұл. birligi ~ birlik а не birliq.
А почему е перед гласным, а не после? Удвоение гласной - плохо?

[Toivo]

gul - нет слова ғұл.

Забить в транслитератор словарь?

birligi ~ birlik а не birliq

Но г и ғ, к сожалению, никак графически не отличаются.

Можно, но многие е не нужны.

Если дальше продолжать мысль об автоматизации транслитерации, то следует заметить, что ә и ө всегда стоят в начале корня, а значит всегда требуют маркировки мягкости. С ы/і и ұ/ү всё несколько сложнее, сделать алгоритм, определяющий, стоят ли они в начале корня или нет, затруднительно. Предлагаете приравнять гласные в этих парах: ы = і, ұ = ү?

[Toivo]

А почему е перед гласным, а не после?

Германский умлаут - регрессивная ассимиляция, поэтому e стоит после гласного. Тюркский же сингармонизм - ассимиляция прогрессивная, поэтому e ставится до него.

[Karakurt]

Забить в транслитератор словарь?

можно

[Toivo]

Забить в транслитератор словарь?

можно

Но тогда можно и дифтонги с заимствованными гласными - и и у - транслитерировать нормально, а не всегда как y и w.

[Karakurt]

Да, так стоит сделать.

[Toivo]

Тогда чего мы тут изгаляемся в изобретательстве?

[Karakurt]

Да хз. Вот еще текстик:

Ayttim sálem, qalamqas, Sagan qurban mal men bas.  Sagingannan senі oylap,  Keler kózge istiq jas. Senen artiq jan twmas,  Twsa twar — artilmas.  Bіr ózіñnen basqaga  Intiqtigim aytilmas. Asil adam aynimas,  Bіr betіnen qayrilmas.  Kórmesem de, kórsem de,  Kóñlіm senen ayrilmas. Kózіm jatqa qaramas, Jat ta magan jaramas.  Tar tósekte tósіñdі  Iyisker me edіm jalañac? Iyigimda sіzdіñ cac,  Ayqalasip tay-talas,  Lázzát alsaq bolmay ma,  Kóz jumwli, kóñіl mas?

Ayttim salem, qalamqas, Sagan qurban mal men bas.  Sagingannan senі oylap,  Keler kozge istiq jas. Senen artiq jan twmas,  Twsa twar — artilmas.  Bіr ozіngnen basqaga  Intiqtigim aytilmas. Asil adam aynimas,  Bіr betіnen qayrilmas.  Kormesem de, korsem de,  Konglіm senen ayrilmas. Kozіm jatqa qaramas, Jat ta magan jaramas.  Tar tosekte tosіngdі  Iyisker me edіm jalangac? Iyigimda sіzdіng cac,  Ayqalasip tay-talas,  Lazzat alsaq bolmay ma,  Koz jumwli, kongіl mas?

[Toivo]

Lázzát

Дичайшая венгерщина.

[Karakurt]

В смысле?

[Toivo]

В смысле?

Это оффтоп. Просто нигде кроме венгерского я ещё не видел двойного z в сочетании с полчищами акутов.