Почему не *нё был?

[Тайльнемер]

Почему в форме не́ был не наблюдается ёканье, ведь это не ѣ, и позиция подходящая — под ударением, после мягкого, перед твёрдым?

[Awwal12]

Видимо, потому, что "не" с тем же успехом может встречаться и перед мягкими? Когда ёканье было живым фонетическим процессом - вероятно, было [н'обыл], но как только оно перестало быть таковым, результат ликвидировался под давлением вариантов с мягким.

[Wolliger Mensch]

Почему в форме не́ был не наблюдается ёканье, ведь это не ѣ, и позиция подходящая — под ударением, после мягкого, перед твёрдым?

Потому что аналогическое выравнивание. Вообще, в префиксах ёканье не очень: бе́здарь, Пере́рва и под.